巴尔的摩市建立于1729年,名字来源于马里兰地区封地的所有者巴尔的摩男爵。本地的早期发展与海运和制糖业有密切相关。
1814年,在1812年战争期间英国军队在火烧华盛顿之后,分海陆两路进攻巴尔的摩。同年9月12日,英国军队和美国民兵在巴尔的摩西南的北角发生交火。英国指挥官罗斯将军(Ross)被击毙。英国海军在对守卫巴尔的摩内港的麦克亨利堡(Fort McHenry)进行通宵炮击后,并未能赶走守卫堡垒的美国军队,随后英国军队放弃对巴尔的摩的进攻。美国律师弗朗西斯·斯科特·基(Francis Scott Key)在目睹了英国海军对麦克亨利堡的炮击后,写下了后来称为美国国歌的《星条旗歌》。
1851年,巴尔的摩市脱离巴尔的摩县,成为独立市。
1861年,一队美国士兵在巴尔的摩转火车时,遭到亲南方的巴尔的摩市民围攻,士兵向市民开枪后导致了巴尔的摩暴乱。此暴乱的直接结果是林肯政府对亲南方的州进行镇压,并宣布巴尔的摩进入军管状态,巴尔的摩市长、警察局长与马里兰州议会多名议员被捕。在整个美国内战期间,马里兰州被置于美国联邦政府的直接管理,特拉华州则被置为北方军事占领状态。阿肯色州和田纳西州在了解到林肯政府对亲南方的地区的镇压后,宣布脱离美国北方政府加入南方政府。
1904年2月7日,巴尔的摩市发生大火,整个城市几乎被烧毁。从哥伦比亚特区、费城至纽约等地都有消防队赶来救援,但由于各处消防水龙头的接头有所差异,因此救援人员面对大火无能为力。这件事件导致了国家标准与技术院(NIST)的诞生。
1980年,巴尔的摩国家水族馆建成。同年在巴尔的摩内港地区海建成一系列的的商业观光区,巴尔的摩内港逐渐从工业区和居民区转变成为观光旅游区。
2003年,飓风依莎贝尔带来的潮水,淹没了巴尔的摩内港地区。